“阿基諾總統不會親自就菲地方機構射殺臺灣漁民事件向臺當局領導人致歉，菲政府也不會重新考慮此前做出的拒絕就此進行菲臺聯合調查的決定。”針對臺方的聯合調查呼吁，《馬尼拉公報》20日援引菲總統府副發言人瓦爾特的話如此回應。在被問到阿基諾三世在菲方此前道歉被拒后是否計劃與臺灣當局領導人交流并澄清射殺漁民事件時瓦爾特表示：“總統此前已派出個人代表傳達了信息。”報道稱，阿基諾政府接到的咨詢意見認為，針對臺方對菲射殺臺灣漁民持強硬立場引發菲臺外交糾紛，菲方應以“嚴格遵守一中政策回應臺方”。
臺灣今日新聞網20日稱，臺“外交部長”林永樂表示，菲律賓已經提出來臺調查的書面申請，并且也同意臺方派團前往調查，接下來的具體調查內容、議題和司法合作項目，將會由雙方的司法部門協商。臺灣《聯合報》稱，菲律賓最快將于21日派調查小組到臺灣調查“廣大興28”號漁船遇襲事件。但臺“外交部”表示，雙方要達成書面協議才會啟動調查，以免在只有口頭承諾的情況下又發生不配合的問題，菲律賓方面“不是說來就來”。
“菲臺雙方是在進行‘平行調查’，而不是進行‘聯合調查’。”《菲律賓每日問詢者報》20日援引菲司法部長德利馬的話做出這一澄清。這篇題為“菲司法部長批評臺灣‘謀殺論’”的報道還稱，德利馬周一對臺灣調查人員做出菲海警謀殺臺灣漁民的結論提出質疑。他說：“這是不成熟的結論。我們還在調查所有證據時，怎么能這么說呢？我們既不能肯定也不能否定謀殺，因為現在還沒有結論。”
“無法聯合調查，菲船真相難明”，臺灣《聯合報》20日以此為題說，臺灣司法調查團此前赴菲調查臺漁船遭槍擊案受阻，無功而返。菲方對共同調查的說法前后不一；對于厘清命案真相的態度閃躲敷衍，反映了菲國政府的治理問題。從公共治理角度看，菲律賓本質上就不是文明國家。菲律賓治安不佳，對人命價值毫不在乎，一場中期選舉就有50多人喪生，菲律賓政府與社會也不重視。而菲律賓海巡人員在臺灣漁民的眼中，就是有牌的海盜。菲律賓不與臺灣展開聯合調查，而是展開“平行調查”，但不能詢問涉及這起事件的菲律賓海岸防衛隊及漁業局人員。如此將造成菲國海防人員集體串供，導致臺菲各執一詞，真相將難有水落石出的一天。
除了調查上的較勁，輿論戰也是臺當局工作的重點。“中央社”20日稱，為了讓國際了解臺菲近期糾紛真相，臺“駐外使領館”全面啟動宣傳機制，包括媒體投書、刊登廣告、向當地政界說明等，期盼能讓國際了解菲律賓惡行，為臺灣漁民爭取權益。臺灣今日新聞網稱，臺進入文宣戰，“外交部”官員蔣昌成20日表示，目前正在印制英文折頁宣傳文件，未來準備放置在機場、“駐外使領館”等，希望向全世界表達臺方立場與訴求。
